มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ได้จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล พ.ศ. 2548 มาตรา 5 โดยยกระดับจากสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล (ตามพระราชบัญญัติ พ.ศ. 2518) ให้เป็นมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล และอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของ สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งแต่วันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2548

ต่อมาได้มี กฎกระทรวง และ ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องการแบ่งส่วนราชการ ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 124 ตอนพิเศษ 59 ง ลงวันที่ 16 พฤษภาคม 2550 กำหนดให้ กองกลาง เป็นส่วนราชการในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ตั้งแต่วันที่ 24 เมษายน 2550 เป็นต้นมา

ปี พ.ศ. 2562 มีการจัดตั้ง กระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม โดยควบรวมกระทรวงและหน่วยงานต่างๆ ดังนี้

หน่วยงานใหม่นี้มีหน้าที่ส่งเสริม สนับสนุน และกำกับดูแลด้านอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัย และนวัตกรรม เพื่อพัฒนาประเทศให้เท่าทันกับโลกยุคใหม่ ปัจจุบันมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออกอยู่ภายใต้กระทรวงดังกล่าว